葡萄胎的水泡样组织已超过子宫腔范围，侵入子宫肌层深部或在其他部位发生转移者，称为恶性葡萄胎。发生的机会为5％～20％的葡萄胎恶变成恶性葡萄胎或绒毛膜癌，多数在葡萄胎清除后6个月内发生，但亦有葡萄胎未排出之前就发生恶变者。恶性葡萄胎虽具有恶性肿瘤特点，但治疗效果及预后均较绒毛膜癌为好。
恶性葡萄胎与一些疾病易混淆
1、流产：葡萄胎病史与先兆流产相似，容易混淆、先兆流产有停经、阴道流血及腹痛等症状，妊娠实验阳性。但葡萄胎时多数子宫大于相应孕周的正常妊娠，HCG水平持续高值，B型超声图像不见胎囊及胎心搏动，而显示葡萄胎特点。
2、双胎妊娠：子宫大于相应孕周的正常单胎妊娠，HCG水平也略高于正常，可与葡萄胎相混淆，但双胎妊娠无阴道流血，B型超声检查可以确诊。
3、羊水过多：一般发生于妊娠期，若发生于妊娠中期，因子宫迅速增大，需与葡萄胎相鉴别。羊水过多时无阴道流血，HCG水平在正常范围，B型超声检查可以确诊。
